九州大学数理生物学研究室

メンバー紹介

岩見 真吾(いわみ しんご)

岩見 真吾(いわみ しんご)

所属:九州大学理学研究院生物科学部門数理生物学教室、科学技術振興機構さきがけ(兼任)

役職:准教授

所属学会:日本エイズ学会、日本ウイルス学会、日本生態学会、日本数理生物学会、日本応用数理学会、日本数学会

連絡先:siwami[at]kyushu-u.org
※[at]を@に置き換えて下さい。

略歴

学歴

2005年3月 大阪府立大学工学部数理工学科卒業
2007年3月 大阪府立大学大学院工学研究科電子・数物系専攻博士前期課程修了 (指導教官:原惟行教授)
2009年3月 静岡大学創造科学技術大学院自然科学系教育部環境・エネルギーシステム専攻博士後期課程(短縮)修了 (指導教官:竹内康博教授)
2009年3月 博士(理学)(静岡大学)取得

職歴

2007年4月~2009年3月 日本学術振興会特別研究員DC1
2009年4月~2009年9月 日本学術振興会特別研究員PD (DC1採用後、PDに変更)
2009年10月~2011年11月 科学技術振興機構「生命現象の革新モデルと展開」さきがけ研究者・専任
2011年11月~現在 九州大学理学研究院生物科学部門准教授
(2011年11月~2013年3月:「生命現象の革新モデルと展開」さきがけ研究者を兼任)
(2014年10月~現在:「生体における動的恒常性維持・変容機構の解明と制御」さきがけ研究者を兼任)

研究内容

数理科学と実験科学の学際的融合研究による計算ウイルス学・免疫学の展開
図. 数理科学と実験科学の学際的融合研究による計算ウイルス学・免疫学の展開

1980年世界保健機構が天然痘の根絶を声高らかに宣言し、感染症はもはや人の手によって制御できるモノであると思い込んでいた。しかし、その後、HIVやSARS、新型インフルエンザ等が出現し、瞬く間に全世界に広がり、感染症の時代を迎えた。医療体制や防疫体制も整った2014年でさえ、西アフリカはエボラ禍に見舞われ、日本ではデング熱が流行し始めている。これらの新興・再興感染症に対しては、ワクチンはおろか、その治療法も存在しない。私達に残された手段は、表面的な症状の消失あるいは緩和を目的とする対処療法のみとなっている。しかし、人類はこのようなウイルス感染症と闘うために、ウイルス学的手法、免疫学的手法、生化学的手法、分子生物学的手法などを用いて、「ウイルス」を様々な視点から研究し、その正体や弱点を暴くことで、治療法や予防法を確立してきた。また、近年では国内外において、少数ではあるが数理科学の研究者がバイオインフォマティクス学的手法、構造生物学的手法、進化生物学的手法、数理モデル学的手法などを用いてウイルス学へ参入し、新たな研究を展開し始めている(残念ながら日本には、ウイルス感染の臨床・治験・実験データを定量的に扱える専門家がほとんど存在しない)。これらの手法を用いれば、現在の実験技術では計測不能な事柄を定量化したり、予測したりすることが可能になる。すなわち、数理科学が実験学と相補的な融合を果たすことで、従来のウイルス学では踏み込めなかった詳細で革新的な研究を展開することが可能になるのである。私たちの研究グループでは、様々な数理的手法を用いて、細胞内、細胞間、個体内、個体間のウイルス感染現象をモデリングすることに加え、臨床・治験・実験データの定量的解析を行うことで疾患プロセスの解明や治療薬・治療法の開発、政策立案等に有用な知見を理論的な立場から提案しています。また、国内外の多くの実験・臨床研究グループとの積極的な共同研究も進めています。共同研究のご相談、及び、コンサルティングのお問い合わせは上記連絡先にメールをお送りください。

業績

【英語学術論文(全て査読有)】

(43) LE. Liao, S. Iwami, CA. Beauchemin. (In)validating experimentally-derived knowledge about influenza A defective interfering particles, Journal of the Royal Society Interface, 13: 20160412 (2016).
(42) T. Funo, H. Inaba, M. Jusup, A. Tsuzuki, N. Minakawa, and S. Iwami. Impact of asymptomatic infections on the early spread of malaria, Japan Journal of Industrial and Applied Mathematics, 33:671-681 (2016).
(41) K. Fujiu†, M. Shibata†, Y. Nakayama, F. Ogata, S. Matsumoto, K. Noshita, S. Iwami, S. Nakae, I. Komuro, R. Nagai, and I. Manabe. A heart-brain-kidney network controls adaptation to cardiac stress through tissue macrophage activation and cellular communication, Nature Medicine, in press. (†Equal contribution)
(40) A. Martyushev, S. Nakanoka, K. Sato, T. Noda†, and S. Iwami†. Modelling Ebola virus dynamics: Implications for therapy, Antiviral Research, 135:62-73 (2016). (†Equal contribution)
(39) H. Ikeda†, S Nakaoka†, RJ. De Boer, S. Morita, N. Misawa, Y. Koyanagi, K. Aihara, K. Sato‡, and S. Iwami‡, Quantifying the effect of Vpu on the promotion of HIV-1 replication in the humanized mouse model, Retrovirology, 13:2 (2016). (†,‡Equal contribution)
(38) S. Nakaoka, S. Iwami, and K. Sato, Dynamics of HIV infection in lymphoid tissue network, Journal of Mathematical Biology, 72:909-38 (2016).
(37) M. Jusup, S. Iwami, B. Podobnik, and E. Stanley. Comment: Dynamically rich, yet parameter-sparse models for spatial epidemiology Comment on “Coupled disease-behavior dynamics on complex networks: A review”by Z. Wang et al., Physics of Life Reviews, 15: S1571-0645 (2015).
(36) Y. Kakizoe, and S. Iwami, Exploring the conserved quantity of viral infection model with periodical cell removal, Japan Journal of Industrial and Applied Mathematics, 32: pp1-9 (2015).
(35) S. Iwami†, JS Takeuchi†, S Nakaoka, F Mammano, F Clavel, H Inaba, T Kobayashi, N Misawa, K Aihara, Y Koyanagi, K Sato. Cell-to-cell infection by HIV contributes over half of virus infection, Elife, 4, (2015). (†Equal contribution)
(34) S. Iwami†, K. Sato†, S. Morita, H. Inaba, T. Kobayashi, JS. Takeuchi, Y. Kimura, N. Misawa, F. Ren, Y. Iwasa, K. Aihara, and Y. Koyanagi. Pandemic HIV-1 Vpu overcomes intrinsic herd immunity mediated by tetherin, Scientific Reports. 5:12256 (2015). (†Equal contribution)
(33) H. Ikeda, A. Godinho-Santos, S. Rato, B. Vanwalscappel, F. Clavel, K. Aihara, S. Iwami†, and F. Mammano†. Quantifying the antiviral effect of IFN on HIV-1 replication in cell culture, Scientific Reports. 5:11761 (2015). (†Equal contribution)
(32) Y. Kakizoe, S. Nakaoka, CA. Beauchemin, S. Morita, H. Mori, T. Igarashi, K. Aihara, T. Miura, and S. Iwami. A method to determine the duration of the eclipse phase for in vitro infection with a highly pathogenic SHIV strain, Scientific Reports. 5:10371 (2015).
(31) Y. Kakizoe, S. Morita, S. Nakaoka, Y. Takeuchi, K. Sato, T. Miura, CA. Beauchemin, and S. Iwami. A conservation law for virus infection kinetics in vitro, Journal of Theoretical Biology. 376:39-47 (2015).
(30) H. Ikeda, S. Nakaoka, K. Sato, N. Misawa, Y. Koyanagi, and S. Iwami. Effect of eclipse phase on quantifying viral dynamics of acute HIV-1 infection in humanized mouse model, Nonlinear Theory and Its Applications. 6:47-53 (2015).
(29) K. Sato, JS Takeuchi, N. Misawa, T. Izumi, T. Kobayashi, Y. Kimura, S. Iwami, A. Takaori-Kondo, WS. Hu, K. Aihara, M. Ito, D. Sung An, VK. Pathak, and Y. Koyanagi. APOBEC3D and APOBEC3F potently promote HIV-1 diversification and evolution in humanized mouse model, PLoS Pathogen. 10:e1004453 (2014).
(28) Y. Koizumi, and S. Iwami. Mathematical modeling of multi-drugs therapy: a challenge for determining the optimal combinations of antiviral drugs, Theoretical Biology and Medical Modeling. 11:41(2014).
(27) H. Ikeda, RJ. De Boer, K. Sato, S. Morita, N. Misawa, Y. Koyanagi, K. Aihara, and S. Iwami. Improving the estimation of the death rate of infected cells from time course data during the acute phase of virus infections: application to acute HIV-1 infection in a humanized mouse model, Theoretical Biology and Medical Modeling. 11:22(2014).
(26) T. Kobayashi, Y. Koizumi, JS. Takeuchi, N. Misawa, Y. Kimura, S. Morita, K. Aihara, Y. Koyanagi, S. Iwami, and K. Sato. Quantification of Deaminase Activity-Dependent and -Independent Restriction of HIV-1 Replication Mediated by APOBEC3F and APOBEC3G through Experimental- Mathematical Investigation, Journal of Virology. 88:5881-7(2014).
(25) K. Sato, N. Misawa, S. Iwami, Y. Satou, M. Matsuoka, Y. Ishizaka, M. Ito, K. Aihara, D. Sung An, and Y. Koyanagi. HIV-1 Vpr accelerates viral replication during acute infection by exploiting proliferating CD4+ T cells in vivo, PLoS Pathogen. 9:e1003812 (2013).
(24) S. Iwami, Y. Koizumi Y, Ikeda H, and Kakizoe Y. Quantification of viral infection dynamics in animal experiments, Frontiers in Microbiology. 4:264 (2013).
(23) M. Fukuhara†, S. Iwami†, K. Sato†, Y. Nishimura, H. Shimizu, K. Aihara, and Y. Koyanagi. Quantification of the dynamics of enterovirus 71 infection by experimental-mathematical investigation, Journal of Virology. 87:701-5(2013). (†Equal contribution)
(22) S. Iwami, K. Sato, RJ. De Boer, K. Aihara, T. Miura, Y. Koyanagi. Identifying viral parameters from in vitro cell cultures, Frontiers in Microbiology. 3:319 (2012).
(21) S. Iwami, BP. Holder, CA. Beauchemin, S. Morita, T. Tada, K. Sato, T. Igarashi, and T. Miura. Quantification system for the viral dynamics of a highly pathogenic simian/human immunodeficiency virus based on an in vitro experiment and a mathematical model, Retrovirology. 9: 18 (2012).
(20) S. Iwami†, H. Haeno† and F. Michor. A race between tumor immunoescape and genome maintenance selects for optimum levels of (epi)genetic instability, PLoS Computational Biology. 8(2): e1002370 (2012). (†Equal contribution)
(19) K. Sato, N. Misawa, M. Fukuhara, S. Iwami, DS. An, M. Ito and Y. Koyanagi. Vpu Augments the Initial Burst Phase of HIV-1 Propagation and Downregulates BST2 and CD4 in Humanized Mice, Journal of Virology. 86(9): 5000-5013 (2012).
(18) M. Horiike, S. Iwami, M. Kodama, A. Sato, Y. Watanabe, M. Yasui, Y. Ishida, T. Kobayashi, T. Miura and T. Igarashi. Lymph nodes harbor viral reservoirs that cause rebound of plasma viremia in SIV-infected macaques upon cessation of combined antiretroviral therapy, Virology. 423(2): 107-118 (2012).
(17) S. Iwami and T. Hara. Global stability of a generalized epidemic model, Journal of Mathematical Analysis and Applications. 362(2): 286-300 (2009).
(16) S. Iwami, T. Miura , S. Nakaoka, and Y. Takeuchi. Immune impairment effect in HIV infection: Existence of risky and immunodeficiency thresholds, Journal of Theoretical Biology. 260(4): 490-501 (2009).
(15) E. Jung, S. Iwami, Y. Takeuchi, and T-C. Jo. Optimal control strategy for prevention of avian influenza pandemic, Journal of Theoretical Biology. 260(2): 220-229 (2009).
(14) S. Iwami, Y. Takeuchi, X. Liu, and S. Nakaoka. A geographical spread of vaccine-resistance in avian influenza epidemics, Journal of Theoretical Biology. 259(2): 219-228 (2009).
(13) S. Iwami, S. Nakaoka, Y. Takeuchi, Y. Miura, and T. Miura. Immune impairment thresholds in HIV infection, Immunology Letters. 123(2): 149-154 (2009).
(12) Y. Takeuchi, W. Wang, S. Nakaoka, and S. Iwami. Dynamical adaptation of parental care, Bulletin of Mathematical Biology. 71(4): 931-951 (2009).
(11) S. Iwami, T. Suzuki, and Y. Takeuchi. Paradox of vaccination: Is vaccination really effective against avian flu epidemics?, PLoS ONE. 4(3): e4915 (2009).
(10) S. Iwami, Y. Takeuchi, and X. Liu. Avian flu pandemic: can we prevent it?, Journal of Theoretical Biology. 257(1): 181-190 (2009).
(9) S. Iwami, Y. Takeuchi, K. Iwamoto, Y. Naruo, and M. Yasukawa. A mathematical design of vector vaccine against autoimmune disease, Journal of Theoretical Biology. 256(3): 382-392 (2009).
(8) S. Iwami, Y. Takeuchi, A. Korobeinikov and X. Liu. Prevention of avian influenza epidemic: what policy should we choose?, Journal of Theoretical Biology. 252(4): 732-741 (2008).
(7) S. Iwami, S. Nakaoka, and Y. Takeuchi. Mathematical analysis of a HIV model with frequency dependence and viral diversity, Mathematical Biosciences and Engineering. 5(3): 457-476 (2008).
(6) X. Liu, Y. Takeuchi, and S. Iwami. SVIR epidemic models with vaccination strategies, Journal of Theoretical Biology. 253(1): 1-11 (2008).
(5) S. Iwami, S. Nakaoka, and Y. Takeuchi. Viral diversity limits immune diversity in asymptomatic phase of HIV infection, Theoretical Population Biology. 73(3): 332-341 (2008).
(4) S. Iwami. Potential mechanisms of relapse in autoimmune disease, Kokyuroku Bessatsu. B3: 177-192 (2007).
(3) S. Iwami, Y. Takeuchi, Y. Miura, T. Sasaki, T. Kajiwara. Dynamical properties of autoimmune disease models: Tolerance, flare-up, dormancy, Journal of Theoretical Biology. 246(4): 646-659 (2007).
(2) S. Iwami, Y. Takeuchi and X. Liu. Avian-human influenza epidemic model, Mathematical Biosciences. 207(1): 1-25 (2007).
(1) S. Iwami, S. Nakaoka, and Y. Takeuchi. Frequency dependence and viral diversity imply chaos in an HIV model, Physica D: Nonlinear Phenomena. 223(2): 222-228 (2006).

【日本語総説】

(7) 岩見真吾、佐藤佳. ウイルス感染の数理科学的理解,実験医学,印刷中.
(6) 岩見真吾. 数理科学的手法を用いたウイルス感染の定量的解析,炎症と免疫,印刷中.
(5) 中岡慎治、岩見真吾、佐藤佳. リンパ節ネットワークにおける体内HIV感染症モデルの数値解法比較,システム/制御/情報,59:452-457 (2015).
(4) 岩見真吾、佐藤佳、合原一幸、波江野洋、錦織桃子、高折晃史、小柳義夫. 細胞のダイナミクスを記述する-疾患研究のイノベーションへ,科学,83:1184-1189 (2013).
(3) 岩見真吾、佐藤佳、小柳義夫. ヒト化マウスを用いたヒト特異的疾患研究のイノベーション:応用数理と実験医学の融合, 応用数理, 22:7-16 (2012).
(2) 岩見真吾. 特集「疾患の数理モデル」にあたって‐計算ウイルス学・免疫学の展開‐, 応用数理, 22: 4-6 (2012).
(1) 鈴木崇文, 岩見真吾, 竹内康博、ワクチン政策のパラドックス, 日本応用数理学会論文誌, 18 (3): 473-486(2008).

【著書】

(6) 岩見真吾. 日本生態学会編 シリーズ現在の生態学 6巻 「感染症の生態学」 “第23章 AIDS、共立出版、2016年3月.
(5) 岩見真吾. 日本生態学会編 シリーズ現在の生態学 1巻 「集団生物学」 “第5章 感染症動態、共立出版、2015年7月.
(4) S. Iwami and Y. Takeuchi. Avian Influenza: Etiology, Pathogenesis and Interventions“Ptential risks of vaccination against avian flu epidemics”, Chapter 9, Nova Science. New York (2010).
(3) S. Iwami, Y. Takeuchi, X. Liu, A. Korobeinikov, E. Jung, and T-C. Jo. Global View at Fight against Influenza“Theoretical aspect of prevention policies against influenza pandemic”, Chapter17, Nova Science. New York (2009).
(2) 岩見真吾、梶原毅、佐々木徹、竹内康博.「数」の数理生物学“第4章 免疫ダイナミクス”、共立出版、2008年9月.
(1) 岩見真吾. 進化のダイナミクス-生命の謎を解き明かす-“第10章 HIV感染症”(翻訳)、共立出版、2008年2月.

現在・過去の競争的研究資金

[26] 新日本先進医療研究財団助成金, ヒト化マウスの白血球動態の定量化に基づいた新しいがん研究の展開, 代表者:岩見真吾,H28-H30,2,000,000円
[25] GSKジャパン研究助成, 数理モデルを用いた新規抗HBV薬のハイスループットスクリーニング, 代表者:岩見真吾,H28-H29,2,000,000円
[24] 三井生命厚生財団 医学研究助成, 骨粗鬆症の先制治療:予測と個別化のためのシステムズバイオロジー, 代表者:岩見真吾,H28-H29,1,000,000円
[23] 日本学術振興会 科学研究費補助金(基盤研究(B)(特設分野研究)), システムウイルス感染症学:感染ダイナミズムに基づいた病態機構の解明, 代表者:野田岳志(分担者:岩見真吾), H28-H30, 2,500,000円
[22] 統計数理研究所 数学協働プログラム(スタディーグループ),数理科学的手法を駆使した骨粗鬆症の早期診断と予後予測への挑戦,代表者:岩見真吾,H28,500,000円
[21] 長崎大学熱帯医学研究所 一般共同研究, 数理モデルを用いたデング媒介蚊の遺伝分化・流動動態の定量的予測, 代表者:岩見真吾, H28, 400,000円
[20] 日本学術振興会 科学研究費補助金(基盤研究(B)), 遺伝子配列に刻まれた宿主と病原体の攻防を読み解くビックデータ生態学の創成, 代表者:岩見真吾, H28-H32, 13,300,000円
[19] 日本学術振興会 科学研究費補助金(挑戦的萌芽研究), 反応拡散系に基づいた時空間ウイルス学の理論構築とデータ解析, 代表者:岩見真吾, H28-H30, 2,700,000円
[18] 統計数理研究所 数学協働プログラム(スタディーグループ),数理科学的手法を駆使した生命現象の定量化への挑戦,代表者:岩見真吾,H27,400,000円
[17] 日本学術振興会 科学研究費補助金(基盤研究(C)(特設分野研究)), マルチスケールモデルを用いた効果的な抗ウイルス治療戦略開発のための理論構築, 代表者:岩見真吾, H27-H30, 3,800,000円
[16] 国際学術研究助成 外国人研究者等招聘助成, 応用数学とウイルス学・疫学の融合研究による感染症コントロールのための理論構築, 代表者:岩見真吾, H27, 970,000円
[15] 五峯ライフサイエンス国際基金 研究助成金, 計算ウイルス学の展開 –デングウイルスの感染動態を解明する-, 代表者:岩見真吾, H27, 650,000円
[14] 長崎大学熱帯医学研究所 一般共同研究, 数理モデルを用いた抗体依存性感染増強によるデング出血熱のリスク評価, 代表者:岩見真吾, H27, 500,000円
[13] 科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業 さきがけ, ウイルス感染に伴い変化する生体システムの力学的理解と制御, 代表者:岩見真吾, H26-H29, 40,000,000円
[12] 科学技術振興機構 社会技術研究開発, 数理モデルによる感染症対策の革新的政策形成プロセスの創出と実現, 代表者:西浦博(分担者:岩見真吾), H26-H28, 15,260,000円
[11] 厚生労働省 厚生労働科学研究費補助金, 感染症対策及び予防接種行政に関する数理疫学研究, 代表者:西浦博(分担者:岩見真吾), H26-H28, 1,000,000円
[10] 日本学術振興会 科学研究費補助金(基盤研究(B)), 生命科学に表れる散逸系数理モデルの数学的基盤の構築と応用, 代表者:森田善久(分担者:岩見真吾), H26-H29, 900,000円
[9] 九州大学 研究者短期招聘・派遣プログラム, Fabrizio Mammano博士の招聘, 代表者:岩見真吾, H26, 443,400円
[8] 稲盛財団 稲盛財団研究助成, 数理生物学的手法を用いた最適な抗ウイルス投与戦略のデザイン, 代表者:岩見真吾, H26, 1,000,000円
[7] 日本学術振興会 科学研究費補助金(若手研究(B)), ウイルス感染動態中のタンパク質発現時間分布モデリングとデータ解析理理論の構築, 代表者:岩見真吾, H25-H26, 3,200,000円
[6] 九州大学 研究者短期招聘・派遣プログラム, Catherine A. A. Beauchemin博士の招聘, 代表者:岩見真吾, H25, 365,000円
[5] 九州大学 九州大学教育研究プログラム (P and P), 数理生物学的手法による抗ウイルス薬の薬効評価系確立に向けた理論構築, 代表者:岩見真吾, H25, 850,000円
[4] 内閣府 最先端研究開発支援プログラム, 複雑系数理モデル学の基礎理論構築とその分野横断的科学技術応用, 代表者:合原一幸(分担者:岩見真吾), H24-H25, 16,500,000円
[3] 統計数理研究所 重点型研究, ウイルス進化の予測と制御, 代表者:岩見真吾, H23, 0円(科学技術振興機構の専任研究者期間であることの兼ね合いにより)
[2] 科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業 さきがけ, AIDSワクチン開発への理論的介入‐SHIV感染実験と数理モデル‐, 代表者:岩見真吾, H21-H24, 40,000,000円
[1] 日本学術振興会 科学研究費補助金DC1(特別研究員奨励費), 数理モデルによる医学における複雑現象の解明, 代表者:岩見真吾, H19-H21, 2,700,000円

その他の参画している主なプロジェクト

[3] 日本学術振興会 頭脳循環を加速する戦略的国際研究ネットワーク推進プログラム,  感染症数理モデルによる流行予測研究の国際研究拠点形成, 代表者:西浦博(共同研究者:岩見真吾), H28-H30
[2] 科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業 CREST, 大規模生物情報を活用したパンデミックの予兆、予測と流行対策策定, 代表者:西浦博(共同研究者:岩見真吾), H26-H31
[1] 科学技術振興機構 地球規模課題対応国際科学技術協力プログラム, 南部アフリカにおける気象予測モデルをもとにした感染症流行の早期警戒システムの構築, 代表者:皆川昇(研究参加者:岩見真吾), H26-H31

その他の研究活動

[8] PLOS ONE, Editorial Board, 2016-Current
[7] Scientific Reports, Editorial Board, 2014-Current
[6] Frontiers in Microbiology, Editorial Board, 2014-Current
[5] Theoretical Biology and Medical Modelling, Associate Editor, 2013-Current
[4] 日本数理生物学会 運営委員会, H25-現在
[3] 日本応用数理学会学会誌「応用数理」 編集委員, H24-H26
[2] 京都駅前セミナー セミナー世話人, H23-現在
[1] 日本応用数理学会 若手の会 運営委員, H24-現在

アウトリーチ活動

[9] 2016年09月, 開智中学校・高等学校, OB・OGと語る
[8] 2015年06月, 龍谷大学, 特別講義
[7] 2014年10月, 九州大学, エクセレントスチューデントインサイエンス育成プロジェクト
[6] 2014年06月, 大阪府立泉陽高校, キャリアセミナー
[5] 2013年12月, 大阪府立大手前高校, 集中セミナー
[4] 2012年08月, 九州大学, 九州大学理学部生物学科公開講座
[3] 2012年07月, 岡山大学, 岡山大学環境理工学部教員研修会
[2] 2011年12月, 大阪府立大手前高校, 集中セミナー
[1] 2009年12月, 大阪府立大手前高校, 集中セミナー

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