九州大学数理生物学研究室

吉田 憲司(よしだ けんじ)

吉田 憲司(よしだ けんじ)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D5(博士課程D3)

所属学会:日本数理生物学会

連絡先:false_saffron[at]yahoo.co.jp
※[at]を@に置き換えて下さい。

略歴

2013年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2013年 4月〜現在 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

研究内容

ロコモーションのアルゴリズムと最適化。

柿添 友輔(かきぞえ ゆうすけ)

柿添 友輔(かきぞえ ゆうすけ)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D5(博士課程D3)

所属学会:日本数理生物学会

連絡先:yusuke.purple5[at]gmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。

略歴

2014年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2014年 4月〜現在 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室
2016年 3月〜2019年 3月 日本学術振興会特別研究員DC1

研究内容

感受性の低い細胞におけるウイルスダイナミクス。

里居 伸祐(さとい しんすけ)

里居 伸祐(さとい しんすけ)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D5(博士課程D3)

所属学会:日本数理生物学会、日本生態学会

連絡先:ssatoi257n[at]gmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。

略歴

2014年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2014年 4月- 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室
2016年 3月〜2019年 3月 日本学術振興会特別研究員DC1

研究内容

数理モデル、コンピュータシミュレーションを用いて、生物の感覚器官の研究を行っています。現在は、脊椎動物において移動速度が速い生物は眼が大きい、というLeuckart's Lawの成立条件についてコンピュータシミュレーションで研究しています。Leuckart's Lawは100年以上前に提唱され、長い間信じられていましたが、最近になって実際に眼の大きさと移動速度を測定すると、成立しない場合もあることがわかってきました。私は、生物が生息する環境の障害物の量や餌の量に着目して、どのような環境ではLeuckart's Lawが成立しにくいのか、ということを調べました。この研究から、餌の量が多く、障害物が少なく、また衝突時のダメージが小さいような状況では、Leuckart's Lawは成立しにくいだろうということが示唆されました。今後も、生態学的な側面から感覚器官の利用や配置についての理論的研究を行っていきます。

伊藤 悠介(いとう ゆうすけ)

伊藤 悠介(いとう ゆうすけ)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D3(博士課程D1)

所属学会:日本数理生物学会、日本ウイルス学会、日本バイオインフォマティクス学会

連絡先:uks3tkwbft[at]gmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。

略歴

2016年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2016年 4月- 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

研究内容

数理モデル構築、理論的予測、ウイルス数の推定

数理生物学的手法を駆使して、"ウイルス感染症(特にHIV)"の理論的研究を行っています。数理モデルの強みである定量化・挙動の予測・制御によって、ウイルス感染の治療戦略に活かせる研究を目指しています。 なお学部時代に、(Ⅰ) HIV-1重感染の定量的解析-細胞の感受性の不均一性の影響- (Ⅱ) SHIV感染に対する抗ウイルス免疫誘導条件の解析、を行いました。

(Ⅰ) HIV-1重感染の定量的解析-細胞の感受性の不均一性の影響-

 HIV-1の遺伝的多様性を形成する1つのメカニズムとして、近年HIV-1の重感染が注目を浴びている。HIV-1の重感染は、1細胞内に複数のウイルスが同時に感染する現象であり、遺伝的組替えの効率を高める事でHIV-1の多様性に寄与すると考えられている。近年のHIV研究において、HIV-1の重感染はランダムに生じるよりも多く起こる事が明らかになってきた。この現象は、「HIV-1重感染における偏向性」と言われる。先行研究によると、標的細胞の感受性の不均一性が原因となり、HIV-1重感染の偏向性が引き起こされると考えられている。
 そこで本研究では、HIV-1重感染の偏向性を記述する確率モデルの構築とHIV-1感染実験データの定量的解析を行った。具体的には、(1)HIV-1重感染の偏向性に重要な要因と示された細胞の感受性の不均一性を考慮した確率モデルを構築した。そして、この連続的な感受性不均一性を考慮することで、(2)理論的にHIV-1重感染の偏向性を示す。また、不均一性を考慮したモデルによるHIV-1感染実験データを解析した結果、(3)実験解析から定量する事が容易ではない1細胞に感染するウイルス数を推定する事が出来た。

詳細の研究内容や普段の研究生活はこちらの個人HPをご参照ください https://yusuke-ito-biomath.jimdo.com

業績

(4) Y. Ito, A. Tauzin, A. Remion, K. Ejima, F. Mammano† , Shingo Iwami†, Dynamics of HIV-1 coinfection in different susceptible target cell populations during cell-free infection in cell culture. Journal of Theoretical Biology. 455:39-46. (2018). (†Equal contribution). https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2018.06.025
(3) 伊藤悠介, 岩見真吾. 培養細胞系を用いたcell-free 感染における細胞の感受性の不均一性を考慮したHIV-1重感染現象の動態予測. 数理解析研究所講究録. 数理解析研究所. 投稿受理. 2018
(2) Y. Ito‡, A. Remion‡, A. Tauzin, K. Ejima, S. Nakaoka, Y. Iwasa, S. Iwami†, and F. Mammano†. Number of infection events per cell during HIV-1 cell-free infection, Scientific Reports, 7:6559 (2017). (‡,†Equal contribution). doi:10.1038/s41598-017-03954-9.
(1) HIV-1感染における重感染の定量的解析-細胞の感受性の不均一性の影響- 数理解析研究所講究録、京都大学数理解析研究所:2016 1994:151-157(和文、査読なし)

日本語総説

(2) 伊藤悠介. 細胞の感受性の不均一性を考慮した、HIV-1多重感染の定量化に関する理論研究.日本数理生物学ニュースレター. 日本数理生物学会. 投稿受理. 2018
(1) 伊藤悠介. HIV-1感染における重感染の定量的解析 細胞の感受性の不均一性の影響. 日本数理生物学ニュースレター. 日本数理生物学会. 79:4. 2016.

学会発表;国際5件・国内8件

詳細はこちらをご覧ください:https://yusuke-ito-biomath.jimdo.com/publication-presentation/

現在・過去の競争的研究資金

(2) 九州大学  QRプログラム 博士課程学生研究支援 非ランダムウイルス完成に潜むメカニズム:理論と実験によるアプローチ 研究代表者:伊藤悠介 H30-32 最大 1,400,000円
(1) 九州大学基金 学生の独創的研究支援 数理生物学的手法を用いたSHIV感染に対する抗ウイルス免疫の定量的解析 研究代表者:伊藤悠介 H27 500,000円

その他の研究活動

(8) 日本数理生物学会 ニュースレター編集委員, H29-H31 https://jsmbnewsletter.weebly.com
(7) 平成30年 4月〜現在:リサーチアシスタント(RA)
(6) 平成30年 4月〜平成30年8月(予定):ティーチングアシスタント(TA)
(5) 平成29年 4月〜平成29年 8月:ティーチングアシスタント(TA)
(4) 平成28年 4月〜平成29年 3月:リサーチアシスタント(RA)
(3) 平成28年 4月〜平成28年 8月:ティーチングアシスタント(TA)
(2) 平成27年 4月〜平成28年 3月:リサーチアシスタント(RA)
(1) 平成26年10月〜平成27年 3月:リサーチアシスタント(RA)

アウトリーチ活動

(1) 九州大学理学部ニュース掲載;「HIV 感染症における多重感染現象の理論的研究」研究代表者:伊藤悠介 https://www.sci.kyushu-u.ac.jp/koho/qrinews/qrinews_171222.html

岩波 翔也(いわなみ しょうや)

岩波 翔也(いわなみ しょうや)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D3(博士課程D1)

所属学会:日本数理生物学会、日本骨免疫学会、日本分子生物学会、日本免疫学会、日本ウイルス学会

連絡先:iwanamishoya[at]gmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。

略歴

2016年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2016年 4月- 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

研究内容

造血研究では、遺伝子解析やイメージングなどの実験技術の発展により、一生の造血を維持する因子や多種多様な病原に対する免疫を作り出すメカニズムが、日々明らかになってきています。しかし、造血組織においては、加齢による変化や細胞分化の経路、細胞周辺環境との相互作用、がんやウイルス感染などの疾患発症のメカニズムと応答機構など未解明の部分も多く残っています。 現在、造血システム・免疫システムに関わる、細胞間相互作用により平衡状態が保たれているメカニズムや、平衡状態が崩れることにより発症する疾患について、数理モデルを用いた定量的な解釈を行なっています。具体的には、時系列データを用いた、細胞分化メカニズムの解明・ウイルス感染動態の定量的解析・骨量変動の予測・バクテリアプラスミド伝播の定量化などです。

業績

(2) S. Iwanami and S. Iwami. Quantitative immunology by data analysis using mathematical models, Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, (accepted).
(1) S. Iwanami, Y. Kakizoe, S. Morita, T. Miura, S. Nakaoka and S. Iwami. A highly pathogenic simian/human immunodeficiency virus effectively produces infectious virions compared with a less pathogenic virus in cell culture, Theoretical Biology and Medical Modelling. 14:9(2017).

原(はら あかね)

原 朱音(はら あかね)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D3(博士課程D1)

所属学会:日本数理生物学会、日本生物物理学会、日本免疫学会

連絡先:hara.akane32a[at]gmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。

略歴

2016年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2016年 4月- 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

研究内容

アレルゲン免疫療法の数理モデリング

 アレルギーなどのヒト免疫系の異常が関わる疾患とその治療法に興味を持ち、数理モデルを使った理論研究を行っています。
 これまでには、スギ花粉症に対するアレルゲン免疫療法について理論的解析を行いました(業績(1))。本研究は九大理学部ニュースにも掲載されました。
http://www.sci.kyushu-u.ac.jp/koho/qrinews/qrinews_170714.html
今後は免疫系と他の系との関わり合いにも着目して、理論研究を続ける予定です。

業績

(2) 原 朱音,中岡 慎治,合原 一幸 (2018). アレルギー発症に関わる腸内細菌叢のビッグデータ解析,生産研究70巻3号 p.141-144.
(1) Hara, A., and Iwasa, Y. (2017). When is allergen immunotherapy effective? Journal of Theoretical Biology 425, 23-42.

受賞等

(1) 原 朱音, 「九州大学若手女性研究者・女子大学院生優秀研究者賞 女子大学院生部門優秀賞」, 九州大学

トップへ