九州大学数理生物学研究室

吉田 憲司(よしだ けんじ)

吉田 憲司(よしだ けんじ)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D5(博士課程D3)

所属学会:日本数理生物学会

連絡先:false_saffron[at]yahoo.co.jp
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略歴

2013年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2013年 4月〜現在 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

研究内容

ロコモーションのアルゴリズムと最適化。

伊藤 悠介(いとう ゆうすけ)

伊藤 悠介(いとう ゆうすけ)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D4(博士課程D2)

所属学会:日本数理生物学会、日本ウイルス学会、日本バイオインフォマティクス学会

連絡先:uks3tkwbft[at]gmail.com
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略歴

2016年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2016年 4月- 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室
2019年 4月 - 2021年 3月 日本学術振興会特別研究員DC2
(研究課題:多階層レベルのウイルス進化動態を解明する定量的研究. 代表者:伊藤悠介. 2019年-2021年)

研究内容

数理モデル構築、理論的予測、ウイルス数の推定

日本学術振興会特別研究員DC2の研究内容はこちらをご参照ください:https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19J12155/

業績

(7) Hara A†, Iwanami S†, Ito Y†, Miura T, Nakaoka S, Iwami S. Revealing uninfected and infected target cell dynamics from peripheral blood data in highly and less pathogenic simian/human immunodeficiency virus infected Rhesus macaque Journal of Theoretical Biology. 2019. (†Equal contribution).https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2019.07.005
(6) 伊藤悠介, 小泉吉輝, 渡士幸一, 岩見真吾. 薬剤間の相互作用を考慮したC型肝炎治療薬の拮抗/相乗関係の推定 数理解析研究所講究録、京都大学数理解析研究所: 投稿受理(和文、査読なし)
(5) 土肥黛佳, 伊藤悠介, Fabrizio Mammano, 岩見 真吾. HIV-1重複感染におけるウイルス感染率低下の定量的解析 数理解析研究所講究録、京都大学数理解析研究所: 投稿受理(和文、査読なし)
(4) Y. Ito, A. Tauzin, A. Remion, K. Ejima, F. Mammano† , Shingo Iwami†, Dynamics of HIV-1 coinfection in different susceptible target cell populations during cell-free infection in cell culture. Journal of Theoretical Biology. 455:39-46. (2018). (†Equal contribution). https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2018.06.025
(3) 伊藤悠介, 岩見真吾. 培養細胞系を用いたcell-free 感染における細胞の感受性の不均一性を考慮したHIV-1重感染現象の動態予測. 数理解析研究所講究録. 数理解析研究所. 投稿受理. 2018
(2) Y. Ito‡, A. Remion‡, A. Tauzin, K. Ejima, S. Nakaoka, Y. Iwasa, S. Iwami†, and F. Mammano†. Number of infection events per cell during HIV-1 cell-free infection, Scientific Reports, 7:6559 (2017). (‡,†Equal contribution).https://doi.org/10.1038/s41598-017-03954-9
(1) HIV-1感染における重感染の定量的解析-細胞の感受性の不均一性の影響- 数理解析研究所講究録、京都大学数理解析研究所:2016 1994:151-157(和文、査読なし)

日本語総説

(2) 伊藤悠介. 細胞の感受性の不均一性を考慮した、HIV-1多重感染の定量化に関する理論研究.日本数理生物学ニュースレター. 日本数理生物学会.2018
(1) 伊藤悠介. HIV-1感染における重感染の定量的解析 細胞の感受性の不均一性の影響. 日本数理生物学ニュースレター. 日本数理生物学会. 79:4. 2016.

学会発表;国際6件・国内12件

詳細はこちらをご覧ください:https://yusuke-ito-biomath.jimdo.com/publication-presentation/

現在・過去の競争的研究資金

(4) 日本学術振興会 科学研究費補助金DC2 (特別研究員奨励費). 多階層レベルのウイルス進化動態を解明する定量的研究. 代表者:伊藤悠介. 2019年 - 2021年.
(3) 九州大学博士後期課程奨学金. 非ランダムウイルス感染に潜むメカニズムの解明:理論と実験によるアプローチ. 研究代表者:伊藤悠介. 2018年. 500,000円 (2019年4月よりDC2に変更)
(2) 九州大学  QRプログラム 博士課程学生研究支援 非ランダムウイルス感染に潜むメカニズム:理論と実験によるアプローチ 研究代表者:伊藤悠介 2018年. 400,000円 (2019年4月よりDC2に変更)
(1) 九州大学基金 学生の独創的研究支援 数理生物学的手法を用いたSHIV感染に対する抗ウイルス免疫の定量的解析 研究代表者:伊藤悠介 H27 500,000円

その他の研究活動

(8) 日本数理生物学会 ニュースレター編集委員, H29-H31 https://jsmbnewsletter.weebly.com
(7) 平成30年 4月〜平成31年 3月:リサーチアシスタント(RA)
(6) 平成30年 4月〜平成30年 8月:ティーチングアシスタント(TA)
(5) 平成29年 4月〜平成29年 8月:ティーチングアシスタント(TA)
(4) 平成28年 4月〜平成29年 3月:リサーチアシスタント(RA)
(3) 平成28年 4月〜平成28年 8月:ティーチングアシスタント(TA)
(2) 平成27年 4月〜平成28年 3月:リサーチアシスタント(RA)
(1) 平成26年10月〜平成27年 3月:リサーチアシスタント(RA)

アウトリーチ活動

(1) 九州大学理学部ニュース掲載;「HIV 感染症における多重感染現象の理論的研究」研究代表者:伊藤悠介 https://www.sci.kyushu-u.ac.jp/koho/qrinews/qrinews_171222.html

岩波 翔也(いわなみ しょうや)

岩波 翔也(いわなみ しょうや)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D4(博士課程D2)

所属学会:日本数理生物学会、日本骨免疫学会、日本分子生物学会、日本免疫学会、日本ウイルス学会

連絡先:iwanamishoya[at]gmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。

略歴

2016年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2016年 4月- 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

研究内容

造血研究では、遺伝子解析やイメージングなどの実験技術の発展により、一生の造血を維持する因子や多種多様な病原に対する免疫を作り出すメカニズムが、日々明らかになってきています。しかし、造血組織においては、加齢による変化や細胞分化の経路、細胞周辺環境との相互作用、がんやウイルス感染などの疾患発症のメカニズムと応答機構など未解明の部分も多く残っています。 現在、造血システム・免疫システムに関わる、細胞間相互作用により平衡状態が保たれているメカニズムや、平衡状態が崩れることにより発症する疾患について、数理モデルを用いた定量的な解釈を行なっています。具体的には、時系列データを用いた、細胞分化メカニズムの解明・ウイルス感染動態の定量的解析・骨量変動の予測・バクテリアプラスミド伝播の定量化などです。

業績

(2) S. Iwanami and S. Iwami. Quantitative immunology by data analysis using mathematical models, Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, (accepted).
(1) S. Iwanami, Y. Kakizoe, S. Morita, T. Miura, S. Nakaoka and S. Iwami. A highly pathogenic simian/human immunodeficiency virus effectively produces infectious virions compared with a less pathogenic virus in cell culture, Theoretical Biology and Medical Modelling. 14:9(2017).

原 朱音(はら あかね)

原 朱音(はら あかね)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D4(博士課程D2)

所属学会:日本数理生物学会、日本生物物理学会、日本免疫学会

連絡先:hara.akane32a[at]gmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。

略歴

2016年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2016年 4月- 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

研究内容

アレルゲン免疫療法の数理モデリング

 アレルギーなどのヒト免疫系の異常が関わる疾患とその治療法に興味を持ち、数理モデルを使った理論研究を行っています。
 これまでには、スギ花粉症に対するアレルゲン免疫療法について理論的解析を行いました(業績(1))。本研究は九大理学部ニュースにも掲載されました。
http://www.sci.kyushu-u.ac.jp/koho/qrinews/qrinews_170714.html
今後は免疫系と他の系との関わり合いにも着目して、理論研究を続ける予定です。

業績

(4) Hara, A., Iwanami, S., Ito, Y., Miura, T., Nakaoka, S. and Iwami, S. (2019). Revealing uninfected and infected target cell dynamics from peripheral blood data in highly and less pathogenic simian/human immunodeficiency virus infected Rhesus macaque, Journal of Theoretical Biology 479, 29-36.
(3) Hara, A., and Iwasa, Y. (2019). Coupled dynamics of intestinal microbiome and immune system-A mathematical study. Journal of Theoretical Biology 464, 9-20.
(2) 原 朱音,中岡 慎治,合原 一幸 (2018). アレルギー発症に関わる腸内細菌叢のビッグデータ解析,生産研究70巻3号 p.141-144.
(1) Hara, A., and Iwasa, Y. (2017). When is allergen immunotherapy effective? Journal of Theoretical Biology 425, 23-42.

受賞等

(1) 原 朱音, 「九州大学若手女性研究者・女子大学院生優秀研究者賞 女子大学院生部門優秀賞」, 九州大学

青柳 優太(あおやぎ ゆうた)

青柳 優太(あおやぎ ゆうた)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D3(博士課程D1)

所属学会:日本生態学会、日本進化学会、日本数理生物学会

連絡先:ao7yuta[at]gmail.com
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略歴

2017年 3月 東北大学理学部生物学科卒業
2019年 3月 東北大学大学院生命科学研究科修了
2019年 4月- 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

研究内容

1. 「植物における、寿命とDNA修復能力の関係」

生物のDNAは日々紫外線などを受け損傷したり、複製のエラーを生じたりします。そうしたDNAの損傷やエラーが修復されない場合、変異となり蓄積します。寿命の長い生物において、体細胞への有害変異の蓄積は、癌の発生など悪影響を及ぼします。従って、寿命の長い生物は、変異の発生を抑制するために高いDNA修復能力を有しているのではないかと考えられます。実際、動物では長寿命の種ほどDNA修復に関わる遺伝子のコピー数や発現量が高いことが示されています。しかしながら、植物では、寿命とDNA修復能力の間にどのような関係があるのか明らかになっていません。。そこで、寿命が長い樹木を含む植物多種間でDNA修復関連遺伝子のコピー数・発現量の比較解析を行っています。

2. 「樹木における突然変異蓄積パターン:シミュレーション解析」

樹木は特有の枝分かれ構造を有しています。細胞に変異が生じる→細胞が増殖し、枝分かれによって別々の枝に分かれる→分かれた先の枝で新しい変異が生じる。この過程が繰り返されることで、同一個体内に、異なる突然変異の組み合わせを持った枝が見られるようになります。このような枝間で異なる変異蓄積のパターンがどのようにして生じるのかをシミュレーションにより解析しています。

北川 耕咲(きたがわ こうさく)

北川 耕咲(きたがわ こうさく)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D3(修士課程D1)

所属学会:なし

連絡先:sack7844[at]gmail.com
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略歴

2017年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2017年 4月- 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

業績

(2) K. Kitagawa, T. Kuniya, S. Nakaoka, Y. Asai, K. Watashi and S. Iwami. Mathematical analysis of a transformed ODE from a PDE multiscale model of hepatitis C virus infection, Bulletin of Mathematical Biology. in press.
(1) K. Kitagawa, S. Nakaoka, Y. Asai, K. Watashi, and S. Iwami. A PDE multiscale model of hepatitis C virus infection can be transformed to a system of ODEs, Journal of Theoretical Biology, 448:80-85 (2018).

永田 拳吾(ながた けんご)

永田 拳吾(ながた けんご)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D3(修士課程D1)

所属学会:なし

連絡先:grsa777[at]gmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。

略歴

2017年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2017年 4月- 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

堀田 淳之介(ほりた じゅんのすけ)

堀田 淳之介(ほりた じゅんのすけ)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D3(修士課程D1)

所属学会:日本昆虫学会、日本生態学会、個体群生態学会、日本数理生物学会

連絡先:eij.tbry[at]gmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。

略歴

2017年 3月 九州大学理学部生物学科卒業
2017年 4月- 九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

業績

(2) Horita, J., Iwasa, Y., and Tachiki, Y. (2018). Evolutionary bistability of life history decision in male masu salmon. Journal of theoretical biology, 448, 104-111.
(1) 堀田淳之介, 中原亨, 山口諒, ジャコウアゲハ Byasa alcinous の休眠誘起, 昆虫と自然. 51(8): 21-23. 2016.

現在・過去の競争的研究資金

[1] 九州大学基金 学生の独創的研究支援 ジャコウアゲハ Byasa alcinous の休眠誘起の要因とその機構の解明 平成27年度 500,000円

王 宇斐(わん ゆーふぇい)

王 宇斐(わん ゆーふぇい)

所属:九州大学大学院システム生命科学府 数理生物学研究室

学年:一貫制博士課程D3(修士課程D1)

連絡先:yufe.wang[at]hotmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。

略歴

B.S. China Agricultural University (Horticulture)
M.S. Northwest Agriculture and Forestry University (Pomology)

業績

(3) Potassium fertilization arrests malate accumulation and alters soluble sugar metabolism in apple fruit. W. ZHANG, K. Chen, Y.F. WANG, N.S. ZHANG, Y.P. GUO and Z.Y. ZhAO. Biology Open. 2018,7:12
(2) Effects of GeO2 on chlorophyll fluorescence and antioxidant enzymes system in apple leaves under strong light. Z.B. WANG, Y.F. WANG, J.J. ZHAO, L. Ma, Y.J. WANG, X. ZHANG, Y.T. NIE, Y.P. GUO, L.X. MEI and Z.Y. ZHAO. Photosynthetica, 2018, 56(4): 1081-1092.
(1) Trehalose 6-phosphate signal is closely related to sorbitol in apple fruits (Malus domestica Borkh. cv. Gala). W. ZHANG, J. Lune, R. Feil, Y.F. WANG, J.J. ZHAO, Y.P. GUO. Biology Open. 2017, 6: 260-268.

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