太田 加代子（おおた かよこ）
所属：九州大学理学研究院生物科学部門数理生物学研究室
役職：テクニカルスタッフ
| (4) | Mohapatra S, Chakraborty T, Shimizu S, Ohta Ka, Nagahama Y, Ohta Ko, Estrogen and estrogen receptors chauffeur the sex-biased autophagic action in liver. Cell Death Differ. 2020 |
|---|---|
| (3) | Chakraborty T, Mohapatra S, Tobayama M, Ohta Ka, Ryu YM, Kazeto Y, Ohta Ko, Zhou L, Nagahama Y, Matsubara T, Hatching enzymes disrupt aberrant gonadal degeneration by the autophagy/apoptosis cell fate decision. Sci Rep. 2017, 7(1):3183 |
| (2) | Kurta (Ohta) K, Burgess SM, Sakai N. Transgenic zebrafish produced by retroviral infection of in vitro-cultured sperm. PNAS 2004, 101(5): 1263-7 |
| (1) | Kurta (Ohta) K, Sakai N. Functionally distinctive testicular cell lines of zebrafish to support male germ cell development. Mol Reprod Dev. 2004, 67(4): 430-8 |
辻井 悠希（つじい ゆうき）
所属：九州大学大学院理学研究院生物科学部門 数理生物学研究室
役職：学術振興会特別研究員（PD）
連絡先：yuki.tsujii[at]mq.edu.au
※[at]を@に置き換えて下さい。
学歴
| 2013年3月 | 京都大学農学部卒業 |
|---|---|
| 2015年3月 | 京都大学大学院農学研究科修士課程修了（指導教官：北山兼弘教授） |
| 2018年3月 | 同博士課程修了 博士（農学）（指導教官：北山兼弘教授） |
職歴
| 2016年4月―2018年3月 | 日本学術振興会特別研究員（DC2） |
|---|---|
| 2018年4月―2019年3月 | 京都大学生態学研究センター 機関研究員 |
| 2019年4月―2021年3月 | 日本学術振興会海外特別研究員 マッコーリー大学（オーストラリア） |
| 2021年4月－現在 | 日本学術振興会特別研究員（PD） 九州大学理学研究院 |
生物の必須元素であるリンに着目して、植物生理生態学および生態系生態学研究を行っています。例、ボルネオ島キナバル山における樹木のリン欠乏への適応と生態系のリン循環。オーストラリアの植物の光合成におけるリン分配の最適化。熱帯林の一斉開花における栄養動態。ハワイ島の多様な環境に分布するハワイフトモモの表現型多様化機構など。
| (7) | Tsujii Y, Aiba S, Kitayama K (2020) Phosphorus allocation to and resorption from leaves regulate the residence time of phosphorus in aboveground forest biomass on Mount Kinabalu, Borneo. Functional Ecology 34: 1702– 1712. https://doi.org/10.1111/1365-2435.13574 |
|---|---|
| (6) | Tsujii Y, Kitayama K (2018) Relationships of phosphorus concentration in reproductive organs with soil phosphorus availability for tropical rain-forest trees on Mount Kinabalu, Borneo. Journal of Tropical Ecology 34(6): 351–363. https://doi.org/10.1017/S0266467418000329 |
| (5) | Tsujii Y, Onoda Y, Kitayama K (2017) Phosphorus and nitrogen resorption from different chemical fractions in senescing leaves of tropical tree species on Mount Kinabalu, Borneo. Oecologia 185: 171–180. https://doi.org/10.1007/s00442-017-3938-9 |
| (4) | Tsujii Y, Oikawa M, Kitayama K (2017) Significance of the localization of phosphorus among tissues on a cross-section of leaf lamina of Bornean tree species for phosphorus-use efficiency. Journal of Tropical Ecology 33(3): 237–240. https://doi.org/10.1017/S0266467417000141 |
| (3) | Izuno A, Kitayama K, Onoda Y, Tsujii Y, Hatakeyama M, Nagano AJ, Honjo MN, Shimizu-Inatsugi R, Kudoh H, Shimizu KK, Isagi Y (2017) The population genomic signature of environmental association and gene flow in an ecologically divergent tree species Metrosideros polymorpha (Myrtaceae). Molecular Ecology 26: 1515–1532. https://doi.org/10.1111/mec.14016 |
| (2) | Tsujii Y, Onoda Y, Izuno A, Isagi Y, Kitayama K (2016) A quantitative analysis of phenotypic variations of Metrosideros polymorpha within and across populations along environmental gradients on Mauna Loa, Hawaii. Oecologia 180(4): 1049–1059. https://doi.org/10.1007/s00442-015-3416-1 |
| (1) | Kitayama K, Tsujii Y, Aoyagi R, Aiba S (2015) Long-term C, N and P allocation to reproduction in Bornean tropical rain forests. Journal of Ecology 103(3): 606–615. https://doi.org/10.1111/1365-2745.12379 |
Alexander Feldman
所属：九州大学大学院理学研究院生物科学部門 数理生物学研究室
役職：Special Project Faculty Assistant Professor
連絡先：alex[at]morphometrics.jp
※[at]を@に置き換えて下さい。
学歴
| 2012年-2014年 | B.S., Applied Biological Sciences (Arizona State Univ., USA) |
|---|---|
| 2015年-2017年 | P.S.M., Applied Biosciences (Univ. of Arizona, USA) |
職歴
| 2019年―2021年 | Project Researcher (UTokyo, Japan) |
|---|
| (1) | Feldman, A., Wang, H., Fukano, Y., Kato, Y., Ninomiya, S., and Guo, W.. EasyDCP:An affordable, high‐throughput tool to measure plant phenotypic traits in 3D. Methods in Ecology and Evolution 12(2), 1-8 (2021) https://doi.org/10.1111/2041-210X.13645 |
|---|---|
| 特許 | Amagai, Y., Feldman, A., Zhang, Y., Nozaki, T., Kozai, T., Hayashi, E., Nunomura, O.,Hasegawa, R., ARTIFICIAL LIGHT-TYPE PLANT FACTORY COHORTPHENOTYPING SYSTEM, JP 6,144,290 B; US 2014/0376239 A1; JP 2005-229818 A. Research content: 3D reconstruction and shape analysis of tubers of Jerusalem artichoke (Helianthus tuberosus) using spherical harmonics |
今井 亮介（いまい りょうすけ）
所属：九州大学大学院理学研究院生物科学部門 数理生物学研究室
役職：学術研究員
所属学会：日本植物分類学会、日本植物学会
連絡先：somebody90sto@gmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。
学歴
| 2016年3月 | 千葉大学理学研究科博士後期課程終了 博士（理学）（指導教官：綿野泰行教授） |
|---|
職歴
| 2016年4月―2019年3月 | 筑波大学山岳科学センター 研究員 |
|---|---|
| 2019年4月―2021年3月 | 琉球大学熱帯生物圏研究センター 研究員 |
| 2021年4月－現在 | 九州大学理学研究院 研究員 |
Shora laevisの個体内の体細胞突然変異の特定、体細胞突然変異率の推定
青柳 優太（あおやぎ ゆうた）
所属：九州大学大学院理学研究院生物科学部門 数理生物学研究室
役職：学術研究員
所属学会：日本生態学会、種生物学会
連絡先：ao7yuta[at]gmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。
学歴
| 2017年 3月 | 東北大学理学部生物学科卒業 |
|---|---|
| 2019年 3月 | 東北大学大学院生命科学研究科修了 |
| 2022年 3月- | 九州大学大学院システム生命科学府 修了 博士(理学) (指導教官：佐竹暁子 教授) |
職歴
| 2022年4月―現在 | 九州大学理学研究院数理生物学研究室 テクニカルスタッフ |
|---|
ブナ科樹木のゲノム解析、遺伝子発現解析
| (4) | Yuta Aoyagi Blue, Junko Kusumi, Akiko Satake, (2021). Copy number analyses of DNA repair genes reveal the role of poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) in tree longevity, iScience, Volume 24, Issue 7, 2021, https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.102779 |
|---|---|
| (3) | Aoyagi Blue, Y., & Sakai, S. (2020). Low mutation rates promote the evolution of advantageous traits by preventing interference from deleterious mutations. Genetica, 148(2), 101–108. https://doi.org/10.1007/s10709-020-00091-6 |
| (2) | Mochizuki, J., Itagaki, T., Aoyagi Blue, Y., Ito, M., & Sakai, S. (2019). Ovule and seed production patterns in relation to flower size variations in actinomorphic and zygomorphic flower species. AoB PLANTS, 11(5), 1–8. https://doi.org/10.1093/aobpla/plz061 |
| (1) | Itagaki, T., Mochizuki, J., Aoyagi Blue, Y., Ito, M., & Sakai, S. (2019). Evolution towards minimum ovule size? Ovule size variations and the relative sizes of ovules to seeds. Annals of Botany, 123(7), 1253–1256. https://doi.org/10.1093/aob/mcz031 |
桑門 温子（くわかど あつこ）
所属：九州大学大学院理学研究院生物科学部門 数理生物学研究室
役職：日本学術振興会・特別研究員(PD)
所属学会：分子生物学会・生態工学会
連絡先：a.m.kuwakado[at]gmail.com
※[at]を@に置き換えて下さい。
学歴
| 2014年 3月 | 九州大学農学部卒業 |
|---|---|
| 2016年 3月 | 九州大学大学院 生物資源環境科学府 修士課程修了 |
| 2019年 3月- | 九州大学大学院 生物資源環境科学府 博士後期課程修了 博士（農学） |
職歴
| 2017年4月- 2019年3月 | 日本学術振興会・特別研究員(DC2) 九州大学大学院 生物資源環境 科学府 |
|---|---|
| 2019年4月- 2022年3月 | 九州大学生体防御医学研究所 学術研究員 |
| 2022年4月－現在 | 日本学術振興会・特別研究員(PD) 九州大学 理学研究院 |
大規模反応ネットワークにも適用可能な高精度の解析手法の開発、トランスクリプトーム・エピゲノムデータの解析など
| (12) | S. Hirai, K. Tomimatsu, A. Miyawaki-Kuwakado, Y. Takizawa, T. Komatsu, T. Tachibana, Y. Fukushima, Y. Takeda, L. Negishi, T. Kujirai, M. Koyama, Y. Ohkawa, H. Kurumizaka, (2022). Unusual nucleosome formation and transcriptome influence by the histone H3mm18 variant, Nucleic Acids Res., 2022, Vol. 50 (1), pp.72–91, https://doi.org/10.1093/nar/gkab1137 |
|---|---|
| (11) | Y. Hayashi-Takanaka, Y. Hayashi, Y. Hirano, A. Miyawaki-Kuwakado, Y. Ohkawa, C. Obuse, H. Kimura, T. Haraguchi, Y. Hiraoka, (2021). Chromatin loading of MCM hexamers is associated with di-/tri-methylation of histone H4K20 toward S phase entry, Nucleic Acids Res., 49 (21), pp.12152-12166, https://doi.org/10.1093/nar/gkab1068 |
| (10) | A. Miyawaki-Kuwakado‡, Q. Wu‡, A. Harada, K. Tomimatsu, T. Fujii, K. Maehara, Y. Ohkawa, (2021). Transcriptome analysis of gene expression changes upon enzymatic dissociation in skeletal myoblasts, Genes to Cells, 26 (7), pp.530–540, https://doi.org/10.1111/gtc.12870 |
| (9) | A. Elgaabari‡, A. Miyawaki-Kuwakado‡, K. Tomimatsu, Q. Wu, K. Tokunaga, W. Izumi, T. Suzuki, R. Tatsumi, M. Nakamura, (2021). Epigenetic effects induced by the ectopic expression of Pax7 in 3T3-L1, J. Biochem., 170 (1), pp.107-117, ‡ equal contribution https://doi.org/10.1093/jb/mvab030 |
| (8) | Q. Wu, T. Fujii, A. Harada, K. Tomimatsu, A. Miyawaki-Kuwakado,M. Fujita, K. Maehara, Y. Ohkawa, (2021). Genome-wide analysis of chromatin structure changes upon MyoD binding in proliferative myoblasts during the cell cycle, J. Biochem., 169 (6), pp.653-661, https://doi.org/10.1093/jb/mvab001 |
| (7) | A. Miyawaki-Kuwakado, S. Komori, F. Shiraishi, (2020). A Promising Method for Calculating True Steady-State Metabolite Concentrations in Large-Scale Metabolic Reaction Network Models, IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinform., 17, 1, pp.27-36, https://doi.org/10.1109/TCBB.2018.2853724 |
| (6) | A. Miyawaki-Kuwakado, F. Shiraishi, (2018). Software for Drawing a Network Chart Using Steady-State Sensitivity Data and Its Application to Analysis of Metabolic Reaction Networks, Eco-Eng., 30 (3), pp.73-79, https://doi.org/10.11450/seitaikogaku.30.73 |
| (5) | M. Iwata, A. Miyawaki-Kuwakado, E. Yoshida, S. Komori, F. Shiraishi, (2018). Evaluation of an S-system root-finding method for estimating parameters in a metabolic reaction model, Math. Biosci., 301, pp.21-31, https://doi.org/10.1016/j.mbs.2018.01.010 |
| (4) | A. Miyawaki, K. Sriyudthsak, M. Yokota Hirai, F. Shiraishi, (2016). A new parametric method to smooth time-series data of metabolites in metabolic networks, Math. Biosci., 282, pp.21-33, https://doi.org/10.1016/j.mbs.2016.09.011 |
| (3) | 宮脇温子, 山田正嗣, 白石文秀. (2016). S-system およびGMA-system における定常状態感度計算法 の検討, Eco-Eng., 28, 2, pp.37-42. https://doi.org/10.11450/seitaikogaku.28.37 |
| (2) | A. Miyawaki, S. Taira, F. Shiraishi. (2016). Performance of continuous stirred-tank reactors connected in series as a photocatalytic reactor system, Chem. Eng. J., 286, pp.594-601. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894715015247?via%3Dihub |
| (1) | F. Shiraishi, A. Miyawaki, , R. Chand. (2015). A mechanism of the photocatalytic decomposition of 2,4- dinitrophenol on TiO2 immobilized on a glass surface, Chem. Eng. J., 262, pp.831-838. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894714013862 |
- English
- Japanese
