2026年度
論文
滞在研究者
Morison Christopher Robert
Comenius University 研究員
Kevin Flores
North Carolina State University 教授
Aneta Stefanovska
Lancaster University 教授（MEセミナー）
2025年度
論文
国際学会発表
Synchrony from genes to ecosystems: memory with I-Fang
Evolution of Biogenic Volatile Organic Compound (BVOC) Emissions in Fagaceae
Unraveling the evolutionary history of long delay of fertilization in Fagaceae
The evolution of seasonal gene expression in forest trees
Molecular Phenology: Understanding the Molecular Mechanism of Plant Phenology
Global morphospace occupation patterns of leaf vein network structures
Theoretical analysis for the evolution of male diapause dimorphism in the butterfly, Eurema mandarina
Human papillomavirus driving cervical cancer: a mathematical model with persistent infection
Seasonal Rhythms in Genome-wide Gene Expression in Forest Trees
Multiple-copy effect of somatic mutation enhances mutant establishment by overcoming loss by genetic drift
Molecular phenology reveals the influence of climate change on dormancy break timing in 'Somei yoshino' flowering cherry tree
Shifting patterns of fruit production in tropical forests with negative outnumbering positive trends
Multiple-copy effect of somatic mutation enhances mutant establishment by overcoming loss by genetic drift
博論・修論・卒論
Theoretical Modelling of Somatic Mutations during Growth and Evolution of Long-Lived Plants
The Seasonal Strategy of Prolonged Delayed Fertilization with “Two-year fruiting” in Fagaceae
ミヤグモ幼体の巣穴争奪戦:進化ゲーム理論から迫る所有・侵入個体の闘争戦略の進化
造血幹細胞の分裂様式と変異蓄積の数理シミュレーション
シロイヌナズナの再生形質を決定する遺伝的要素は何か
プレスリリース
受賞
工藤 秀一（D1）
優秀口頭発表賞＠第3回植物気候フィードバック若手の会
社川 武徳（M2）
優秀ポスター発表賞＠第3回植物気候フィードバック若手の会
滞在研究者
Romain Blanc-Mathieu
INRAE
斉藤 拓也
国立環境研究所 上級主幹研究員
Bimal Sharma
中国科学院西双版納熱帯植物園 PD
中村 彰宏
中国科学院西双版納熱帯植物園 教授
増井 昇
静岡県立大学 助教
小板 青空
京都大学 大学院生（D1)
別所 和博
埼玉医科大学 助教（MEセミナー）
Jungnam Cho
Durham University Associate Professor（MEセミナー）
辻 祥子
京都大学 特別研究員
Martínez Sancho, Elisabet
University of Barcelona ポスドク
山口 諒
北海道大学 助教 （MEセミナー）
北野 潤
国立遺伝学研究所 教授 （MEセミナー）
Christophe Godin
University of Lyon （MEセミナー）
Shashank Kumar Singh
Indian Institute Of Technology Gandhinagar 大学院生 （JSTさくらサイエンスプログラム）
2024年度
論文
国際学会発表
How rapidly and extensively habitats have been lost for numerous vascular plant species
Modelling proliferation of retrotransposons in somatic stem cell lineages of plants
Relationship between circadian clock and seasonal adaptation; Phenology, nature's calendar
Development of new extinction threat assessment based on locality counts
Estimating dynamics of somatic mutation accumulation in long-lived tropical trees
Synchronized spring fertilization: exploring the role of delayed fertilization and intermittent pollen tube growth in flowers blooming across seasons
Accumulation of mutations in trees and their impacts on gene-environment interactions
Synchrony from Genes to Ecosystems
Synchronized spring fertilization: exploring the role of delayed fertilization and intermittent pollen tube growth in flowers blooming across season
博論・修論・卒論
Mathematical Models for the Immune System:Multiple Colonies of Cancer, Inflammatory Diseases, and Thymic Involution.
The evolution of gene expression in seasonal environments
Evolutionary models for plant-herbivore interaction and life history in seasonal environments
Quantitative Analysis of Strawberry Fruit Shape
Age-Dependence of Food Allergy Due to Decreased Supply of Naive T Cells
時計遺伝子プロモーター領域におけるヒストン修飾レベル変動を考慮した時計遺伝子発現シミュレーションモデル
解剖学的構造を仮定した葉形態のフェノタイピング手法
プレスリリース
受賞
工藤 秀一（M2）
Excellent English Presentation Award＠第72回生態学会
社川 武徳（M1）
大会発表賞＠第24回植物分類学会
野下 浩司（助教）
研究奨励賞＠2024年 数理生物学会
富本 創（D2）
ポスター賞 優秀賞＠2024年 数理生物学会
富本 創（D2）
学生口頭発表賞＠第26回進化学会
工藤 秀一（M1）
優秀口頭発表賞＠第１回植物気候フィードバック若手の会
廣瀬 草太郎（M1）
優秀ポスター賞＠第１回植物気候フィードバック若手の会
滞在研究者
Huang YongJin
京都大学 大学院生
Huang YongJin
京都大学 大学院生
Valentin Journe
Adam Mickiewicz University ポスドク
2023年度
博論・修論・卒論
The Mathematical Model of Population Dynamics of Larval Body sizes and Density Effects
Development of phenotyping methods for leaf venation of angiosperms and reconstruction of its latent space using a large-scale leaf image dataset
Seasonal Dynamics and its Climatic Drivers of Butterfly Community on Okinawa Island
Mathematical modeling of:viral dynamics and evolution under immune responses, and plant seasonal schedule of defense chemicals.
Synchronized spring fertilization: exploring the role of delayed fertilization and intermittent pollen tube growth in flowers blooming across seasons
深層学習と画像解析による単細胞生物の睡眠様状態の定量的評価
シロイヌナズナの開花制御におけるFIONA1遺伝子の機能解析
うつ関連遺伝子の進化モデル
プレスリリース
受賞
夫婦石 千尋（D1）
Best Oral Presentation賞＠EAFES 2023
工藤 秀一（M1）
Best Presentation Award＠The 33rd International Conference on Arabidopsis Research
滞在研究者
Chih-hao Hsieh
台湾大学 教授
Victoria Sork
University of California, Los Angeles 教授
Yu-Yun Chen
国立東華大学 准教授
2022年度
博論・修論・卒論
Effect of carbon, nitrogen, and phosphorus resource on the reproduction of Fagaceae: allocation strategies and seasonal expression profiles of their transporter genes (ブナ科樹木の生殖に対する炭素、窒素およびリン資源の影響：生殖器官における配分戦略およびそれらのトランスポーター遺伝子の季節的発現プロファイル)
Dynamics of somatic mutation accumulation during the growth of trees
Differences in bryophyte species richness between 10 sites with different elevations, 1 microenvironments, and vascular plant species richness
Studies the mechanisms of rhythmic reproduction in plants and animals for the future conservation
Theoretical morphological analysis of differential morphospace occupation patterns for terrestrial and aquatic gastropods
2D-3D cooperative leaf edge reconstruction
An integrated analysis of empirical and theoretical approach reveals sugar feedback via circadian clock and TOR signaling play an important role in the photoperiodic adjustment of starch metabolism in Arabidopsis thaliana
Exploring the Genetic Basis of Structural Color Variation in Phelotrupes auratus（オオセンチコガネの構造色のバリエーションを生み出す遺伝的基盤の探索）
Development of a pipeline for pre-processing of bioimage analysis: mask image generation in 3D reconstruction
植物間コミュニケーションの進化条件を探索する数理モデル・シミュレーション
Multiple colonies of cancer involved in mutual suppression with the immune system.
プレスリリース
2021年度
博論・修論・卒論
Theoretical studies on alternative life-history tactics from a physiological and an eco-evolutionary perspective（生理学的及び進化生態学的観点からみた代替生活史戦術に関する理論的研究）
The roles of DNA repair and epigenetic regulation in plant longevity: Systematic comparisons of copy number variation of genes and seasonal gene expression dynamics
Quantitative analysis of HBV intracellular transition dynamics
Impacts of climate change on reproductive phenology in tropical rainforests of Southeast Asia
Escaping stochastic extinction of mutant virus: temporal pattern of emergence of drug resistance within a host
Comprehensive Search for Environmental Factors Regulating Population Dynamics of the Great Orange Tip Using a Method for Causality Detection in Time-series（時系列因果推論法を用いたツマベニチョウの個体数変動を制御する気象要因の網羅的探索）
Network feature-based phenotyping of leaf vein networks dicotyledons
プレスリリース
2020年度
博論・修論・卒論
Quantitative and predictive study of virus dynamics for understanding disease mechanisms（疾患メカニズム解明のためのウイルス感染動態の定量的・予測的研究）
Mathematical analysis for a multiscale model describes hepatitis C virus infection dynamics （C型肝炎ウイルス感染動態のマルチスケールモデルの数理解析）
Theoretical studies on health and diseases that originate from the responses to external factors
Quantitative and theoretical study on HIV-1 co-infection during cell free infection under heterogeneity of target cell population (標的細胞の感受性の不均一性を考慮したcell free感染におけるHIV-1同時感染に関する定量的理論的研究)
Quantitative comparison of leafing, flowering, and fruiting phenology in temperate and tropical montane plant communities（温帯と熱帯山地林の植物群集における展葉・開花・結実フェノロジーの定量的比較）
2019年度
博論・修論・卒論
A quantitative analysis of cancer evolutionary dynamics by a multi-scale mathematical model
2018年度
博論・修論・卒論
Theoretical study for evolution of signal, sensor, and decision making (シグナル、感覚器官及び行動決定の進化についての理論的研究)
Quantifying the life cycle of viruses for in vitro cell culture infection models （in vitroによるウイルス感染実験系を用いたウイルス生活環の定量的解析）