九州大学数理生物学研究室

新着情報
2018.10.3 【JapanPrizeやさしい科学技術セミナー:「数学で“みえる”世界」のご案内】
JapanPrizeやさしい科学技術セミナー:「数学で“みえる”世界」 2018年10月21日(日)14時から、JR博多シティ9階会議室1において、中学生以上を対象とした、JapanPrizeやさしい科学技術セミナー:「数学で“みえる”世界」が開催されます。近年の生命科学研究において数学がどのような役割を果たしているかを分かりやすく説明致します。参加をご希望の方は、こちら の「アンケート」から事前申し込みの上でご参加ください。まだ席に余裕がありますが、70名を想定していますのでお早めの登録をお勧めします。また、70名を超えた場合は、当日立ち見が出る可能性がございますのでご容赦ください。
2018.9.27 MEセミナー情報更新
2018.9.6 数理生物学研究室所属の原朱音氏が「九州大学若手女性研究者・女子大学院生優秀研究者賞 女子大学院生部門優秀賞」を受賞しました。
2018.9.6 数理生物学研究室所属の生駒千乃氏が、オーストラリア・シドニーにて開催された2018 Annual Meeting of the Society for Mathemtaical Biology & the Japanese Society for Mathematical Biologyにおいて、ポスター賞"Highly Commended Student Presentation"を受賞しました。
2018.7.30 数理生物学研究室所属の岩見真吾氏が代表を務め、今回で15回目を迎える「生物数学の理論とその応用」が京都大学数理解析研究所(RIMS)で開催されます。Webページ

新着情報

2018.10.3 【JapanPrizeやさしい科学技術セミナー:「数学で“みえる”世界」のご案内】
JapanPrizeやさしい科学技術セミナー:「数学で“みえる”世界」 2018年10月21日(日)14時から、JR博多シティ9階会議室1において、中学生以上を対象とした、JapanPrizeやさしい科学技術セミナー:「数学で“みえる”世界」が開催されます。近年の生命科学研究において数学がどのような役割を果たしているかを分かりやすく説明致します。参加をご希望の方は、こちら の「アンケート」から事前申し込みの上でご参加ください。まだ席に余裕がありますが、70名を想定していますのでお早めの登録をお勧めします。また、70名を超えた場合は、当日立ち見が出る可能性がございますのでご容赦ください。
2018.9.27 MEセミナー情報更新
2018.9.6 数理生物学研究室所属の原朱音氏が「九州大学若手女性研究者・女子大学院生優秀研究者賞 女子大学院生部門優秀賞」を受賞しました。
2018.9.6 数理生物学研究室所属の生駒千乃氏が、オーストラリア・シドニーにて開催された2018 Annual Meeting of the Society for Mathemtaical Biology & the Japanese Society for Mathematical Biologyにおいて、ポスター賞"Highly Commended Student Presentation"を受賞しました。
2018.7.30 数理生物学研究室所属の岩見真吾氏が代表を務め、今回で15回目を迎える「生物数学の理論とその応用」が京都大学数理解析研究所(RIMS)で開催されます。Webページ
2018.7.30 数理生物学研究室所属の伊藤悠介氏の研究が出版されました。"Y. Ito, A. Tauzin, A. Remion, K. Ejima, F. Mammano† and S. Iwami†. Dynamics of HIV-1 coinfection in different susceptible target cell populations during cell-free infection, Journal of Theoretical Biology. 455:39-46 (2018). (†Equal contribution)"
2018.5.1 数理生物学研究室所属の岩見真吾氏の研究が九州大学のHPで英文でプレスリリースされました。http://www.kyushu-u.ac.jp/en/university/publicity/pressrelease/
2018.5.1 数理生物学研究室所属の岩見真吾氏の研究が九州大学のHPで英文で研究紹介されました。http://www.kyushu-u.ac.jp/en/researches/view/93
2018.4.19 数理生物学研究室所属の岩波翔也氏の研究が出版されました。"S. Iwanami and S. Iwami. Quantitative immunology by data analysis using mathematical models, Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, (accepted)."
2018.4.19 数理生物学研究室所属の北川耕咲氏の研究が出版されました。"K. Kitagawa, S. Nakaoka, Y. Asai, K. Watashi, and S. Iwami. A PDE multiscale model of hepatitis C virus infection can be transformed to a system of ODEs, Journal of Theoretical Biology, 448:80-85 (2018)."
2018.4.1 2018年度が始まりました。
2018.2.22 数理生物学研究室所属の岩見真吾氏の研究が出版されました。 "M. Mahgoub, J. Yasunaga, S. Iwami, S. Nakaoka, Y. Koizumi, K. Shimura, and M. Matsuoka. Sporadic on/off switching of HTLV-1 Tax expression is crucial to maintain the whole population of virus-induced leukemic cells, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 115(6):E1269-E1278 (2018)."
2018.2.22 数理生物学研究室所属の岩見真吾氏の研究が出版されました。 "E. Yamada, S. Nakaoka, L. Klein, E. Reith, S. Langer, K. Hopfensperger, S. Iwami, G. Schreiber, F. Kirchhoff, Y. Koyanagi, D. Sauter and *K. Sato. Human-specific adaptations in Vpu conferring anti-tetherin activity are critical for efficient early HIV-1 replication in vivo, Cell Host & Microbe, 23:110-120 (2018)."
2018.1.22 MEセミナー情報更新

過去の新着情報はこちら

メンバー紹介

佐竹 暁子(さたけ あきこ)

佐竹 暁子(さたけ あきこ)
所属:九州大学理学研究院生物科学部門数理生物学教室
ウェブサイト
役職:教授
所属学会:日本数理生物学会、日本生態学会、個体群生態学会、日本植物生理学会、Society for Research on Biological Rhythms (SRBR)

岩見 真吾(いわみ しんご)

岩見 真吾(いわみ しんご)
所属:九州大学理学研究院生物科学部門数理生物学教室
役職:准教授
所属学会:日本エイズ学会、日本癌学会、日本ウイルス学会、日本生態学会、日本数理生物学会、日本応用数理学会、日本数学会

野下 浩司(のした こうじ)

野下 浩司(のした こうじ)
所属:九州大学理学研究院生物科学部門数理生物学研究室、科学技術振興機構 さきがけ専任研究員(「情報科学との協働による革新的な農産物栽培手法を実現するための技術基盤の創出」領域)
ウェブサイト
役職:助教
所属学会:日本古生物学会、日本進化学会、日本数理生物学会、日本生態学会、The Society for the Study of Evolution、日本育種学会、農業情報学会

セミナー情報

MEセミナー

MEセミナーとは九州大学数理生物学研究室で1966年から続くインフォーマルセミナーです。
基本的には、数理生物学研究室のメンバーが自分の研究についてプレゼンテーションをすることが多いのですが、研究室外から訪問して頂いた研究者の方にお話をして頂くことも多くあります。

MEセミナーでは、研究室外の方にお話をして頂ける機会を歓迎いたします。もしMEセミナーでのお話をご希望なされる方がいらっしゃいましたら、お気軽にセミナー係までお問い合わせください。

過去のMEセミナー・シンポジウムなどの情報はこちら

セミナー係
岩波翔也 : iwanamishoya[at]gmail.com ※[at]を@に置き換えて下さい。
2018/10/16, 13:30 -, at W1-C-909

TCR signaling in a pool of low affinity ligands

Koichi Saeki
(Utrecht University)

     T cells scan the surface of antigen presenting cells (APCs) to detect foreign peptides on major histocompatibility complex (MHC). Recognition takes place via the binding of T cell receptor (TCR) to peptide-MHC (pMHC) and the transduction of downstream signaling cascades. To induce a proper immune response, it is essential that T cells are activated when they bind to foreign peptides and not when confronted with self-peptides. Although T cells that have high affinity to self-peptides are deleted during development in the thymus, T cells in the periphery should still discriminate foreign peptides with high affinity to its TCR from the many and abundant low affinity self peptides. Failures in this discrimination result in either infection or autoimmune diseases.
     Many models have been suggested to explain this, however, it is not clear that how peptide discrimination by TCRs is disturbed in the background of many low affinity self-peptides that could antagonize signaling. Here we simulate the TCR signaling model developed by Francois et al. 2013 with low affinity ligands, and quantify the ability of ligand discrimination using mutual information. The mutual information indicates the maximum number of input signal values that a signaling pathway can reliably resolve. The results show that ligand discrimination works only in the presence of antagonists with very low affinity, which suggests that negative selection of immature T cells should be very strict. We will also discuss how the selection of immature T cells with different strength of TCR signaling results in different T cell differentiation.



2018/10/17, 16:30 -, at W1-C-909

Moving beyond classical genome-wide association studies – complex traits and extended models

Eriko Sasaki
(Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology)

     Many traits of individuals are controlled by genetic basis, as well as by the environment. Despite intense research over the last several decades, genotype-phenotype relationships remain largely unclear. However, with the accumulation of large numbers of individual genome sequences due to the rapid development of sequencing technology, this is beginning to change. A Genome-Wide Association Study (GWAS) is a method for identifying the genetic basis of quantitative traits by exploring associations between SNPs and phenotypic variations within a population. Extension of GWAS models makes it possible to flexibly estimate the effects of genetics, the environment, and their interaction. Using these extended GWAS models and natural populations of the model plant Arabidopsis thaliana, we are exploring the genetic architectures underlying complex quantitative traits. In this seminar, I will introduce two examples of GWAS applications from our previous studies. The first example concerns the genetic and environmental interactions (G x E) that control a life-history trait, flowering time (Sasaki et al., 2015). Although the environmental response is a major factor of adaptation, the genetic basis of this response is largely unknown. Using GWAS, we screened for environment-dependent genetic effects on flowering time phenotypes and identified small fractions of the genome that explained almost all the flowering time variation. The second example concerns the genetic control of an epigenetic mark, DNA methylation variation (Kawakatsu et al., 2016). DNA methylation plays an important role in various biological systems, including silencing of transposons and imprinting, and large natural variation in methylation has been reported. In this study, we identified major alleles controlling this phenotypic variation in two key DNA methylation pathways and found the geographic cline.

References
Sasaki, E. et al., "Missing" G x E Variation Controls Flowering Time in Arabidopsis thaliana. PLoS Genet., 11(10):e1005597 (2015)
Kawakatsu T., et al., Epigenetic Diversity in a Global Collection of Arabidopsis thaliana Accessions. Cell, 166:492-505 (2016)

アクセス・お問合せ

九州大学へのアクセス方法

より大きな地図で 九州大学伊都キャンパス を表示

お問合せ

九州大学理学部生物学科 数理生物学研究室
〒819-0395 福岡市西区元岡774番地
tel (092) 802-4296
e-mail yohiwasa[at]kyudai.jp
※[at]を@に置き換えて下さい。

トップへ