九州大学数理生物学研究室

新着情報
2017.10.26 MEセミナー情報更新
2017.9.4 数理生物学研究室所属の岩波翔也氏の研究が九大理学部ニュースで紹介されました。
“AIDS研究の数理モデル”
2017.8.16 数理生物学研究室所属の関元秀氏の研究が出版されました。
M. Seki, T. Ohara, T. J. Hearn, A. Frank, V. da Silva, C. Caldana, A. A. R. Webb, and A. Satake. Adjustment of the Arabidopsis circadian oscillator by sugar signalling dictates the regulation of starch metabolism. Scientific Reports 7:8305 (2017) doi:10.1038/s41598-017-08325-y.

新着情報

2017.10.26 MEセミナー情報更新
2017.9.4 数理生物学研究室所属の岩波翔也氏の研究が九大理学部ニュースで紹介されました。
“AIDS研究の数理モデル”
2017.8.16 数理生物学研究室所属の関元秀氏の研究が出版されました。
M. Seki, T. Ohara, T. J. Hearn, A. Frank, V. da Silva, C. Caldana, A. A. R. Webb, and A. Satake. Adjustment of the Arabidopsis circadian oscillator by sugar signalling dictates the regulation of starch metabolism. Scientific Reports 7:8305 (2017) doi:10.1038/s41598-017-08325-y.
2017.7.31 数理生物学研究室所属の原朱音氏の研究が九大理学部ニュースで紹介されました。
“花粉アレルギーとアレルゲン免疫療法の数理モデル”
2017.7.27 数理生物学研究室所属の伊藤悠介氏の研究が出版されました。
“Y. Ito, A. Remion, A. Tauzin, K. Ejima, S. Nakaoka, Y. Iwasa, S. Iwami and F. Mammano. Number of infection events per cell during HIV-1 cell-free infection, Scientific reports. 7(2017), doi:10.1038/s41598-017-03954-9."
2017.7.10 数理生物学研究室所属の岩見真吾氏の研究が出版されました。
"H. Ohashi, Y. Koizumi, K. Fukano, T. Wakita, AS. Perelson, S. Iwami†, and K. Watashi†. Reply to Padmanabhan and Dixit: Hepatitis C virus entry inhibitors for optimally boosting direct-acting antiviral-based treatments, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 114:E4527-E4529 (2017).(†Equal contribution)"

メンバー紹介

巌佐 庸(いわさ よう)

巌佐 庸(いわさ よう)
所属:九州大学理学研究院生物科学部門数理生物学教室、九州大学高等研究院長
ウェブサイト
役職:教授
所属学会:日本数理生物学会、日本進化学会、日本生態学会、個体群生態学会、日本動物行動学会、日本分子生物学会、Ecological Society of America、International Society of Behavioral Ecology、Society for Mathematical Biology

岩見 真吾(いわみ しんご)

岩見 真吾(いわみ しんご)
所属:九州大学理学研究院生物科学部門数理生物学教室、科学技術振興機構さきがけ(兼任)
役職:准教授
所属学会:日本エイズ学会、日本ウイルス学会、日本生態学会、日本数理生物学会、日本応用数理学会、日本数学会

波江野 洋(はえの ひろし)

波江野 洋(はえの ひろし)
所属:九州大学理学研究院生物科学部門数理生物学研究室
ウェブサイト
役職:助教
所属学会:日本数理生物学会、American Association for Cancer Research

セミナー情報

MEセミナー

MEセミナーとは九州大学数理生物学研究室で1966年から続くインフォーマルセミナーです。
基本的には、数理生物学研究室のメンバーが自分の研究についてプレゼンテーションをすることが多いのですが、研究室外から訪問して頂いた研究者の方にお話をして頂くことも多くあります。

MEセミナーでは、研究室外の方にお話をして頂ける機会を歓迎いたします。もしMEセミナーでのお話をご希望なされる方がいらっしゃいましたら、お気軽にセミナー係までお問い合わせください。

過去のMEセミナー・シンポジウムなどの情報はこちら

セミナー係
岩波翔也 : iwanamishoya[at]gmail.com ※[at]を@に置き換えて下さい。
2017/11/06, 13:30 - , at W1-D-923

Dissemination of multidrug resistance via conjugative plasmid.

Yoshiharu Yamaichi
(Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CNRS-Gif-sur-Yvette, FRANCE)

     Wide-spreading of antibiotic resistance is one of the most important issues in not only public health but also a huge economic burden. Dissemination of multidrug resistance (MDR) gene(s) resulted in emergence of MDR bacteria, or casually called “superbugs”. These transmissions were often carried out by conjugative plasmids that also encode genes sufficient for a means of horizontal gene transfer, namely conjugation which is carried out by cell-to-cell contact. We are interested in dynamics of dissemination of MDR conjugative plasmid, using pESBL as our model plasmid. This plasmid was originally identified in Escherichia coli O104 outbreak strain in Germany in 2011, and participated the severity of outbreak as it provided MDR phenotype to the host cells.
     Taking advantage of Transposon insertion site sequencing (Tnseq), a recently developed technique which allows the high-throughput quantitative fitness assessment of individual genomic loci, we identified genes involved in the conjugative transfer of pESBL. Surprisingly, Tnseq also unveiled a small regulatory region in pESBL: mutations in this region result in highly elevated transfer efficiency of the plasmid. This and other lines of evidence indicate that single mutations can create plasmids with substantially increased ability to spread, threatening emergence of ’superspreader’ mutants.
     Transferred plasmid molecule has to be established in the recipient cell for the completion of the conjugative DNA transfer. I will also discuss our recent studies on various factors involved in this establishment, such as plasmid partitioning and a system counteracting host immunity.

2017/12/19, 15:30 - 17:00, at W1-D-1025

Estimation of divergence times when evolutionary rate varies.

Koichiro Tamura
(Department of Biological Sciences, Tokyo Metropolitan University)

     Inference of divergence times among macro molecules is one of the major subjects in molecular phylogenetic analyses to elucidate evolutionary histories of genes, genomes and species. Inference of divergence times requires either an assumption of constant rate throughout the tree (a molecular clock) or a statistical distribution to model the variation of evolutionary rates among lineages. Widely used Bayesian methods use a probability distribution of evolutionary rates in the tree (e.g., lognormal distribution) and whether the rates among lineages are correlated or independent. In contrast, our newly developed approach (RelTime) does not require such a probability distribution but estimates relative rates throughout the tree to generate relative node ages that can transformed into absolute dates by using temporal constrains for one or more nodes. RelTime has performed well in timetree analysis of many large empirical datasets, and it shows high accuracy in computer simulations. In this seminar, I would like introduce current state of the molecular clock applications as well as our RelTime approach.

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九州大学理学部生物学科 数理生物学研究室
〒819-0395 福岡市西区元岡774番地
tel (092) 802-4296
e-mail yohiwasa[at]kyudai.jp
※[at]を@に置き換えて下さい。

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